神龍元年（705年）正月二十五日，唐中宗李顯即位，因為相王李旦有誅殺張易之兄弟之功，加相王李旦封號為安國相王，任命他為太尉，同鳳閣鸞台三品。又為他加實封。
中宗在表面上對李旦十分優待，但實際上卻對他嚴加防范。
史書記載：
中宗在「相王、衛王重俊，成王千里宅，遣衛士宿衛，環其所居，十步置一仗舍，持兵巡檄，同于宮禁。」
此時，李旦的頭腦也很清醒，他明白兄長李顯所作的一切，不單是出于兄弟之間的情份，也不是因為他的扶位之功，從他的地位來講，應該是兄長皇權的最直接的威脅，因此他不能大意和疏忽，他必須馬上向兄長表明他的意愿和態度。
二月二十一日，李旦上表堅決要求辭去太尉及宰相職務，中宗很痛快地答應了他的請求，卻又提出想立他為皇太弟，以便成為中宗百年之后的皇位繼承人。
李旦此刻不管中宗是否有誠意，馬上一口回絕，任何的任命對于他來說都是可怕的枷鎖，他現在最大的愿望是做一個逍遙自在的相王。
中宗的統治十分昏暗。
韋皇后、武三思、上官婉兒結合在一起，他們或利用姻親關系，或進行政治拉攏，培植了一批私人勢力，組成了以武三思為首的政治集團。他們排除異己，結黨營私，其最終目標是要奪取皇帝寶位。
因此太子李重俊便首先成為他們攻擊的目標。
太子李重俊被殺，作為李唐嫡嗣的，除中宗外，就是其弟相王李旦，因此李旦父子緊隨重俊之后成為韋武集團的主要打擊對象。
李重俊兵敗后，右台大夫蘇珦負責審問太子重俊的黨羽，罪犯中有人供認相王參與了兵變，蘇珦為此秘密地為相王申辯，中宗才沒有追究此事，相王與太平公主是否真的參與了此事，現在很難弄得清楚，但從這倆人當時的立場來看，他們對于韋后與武三思的專權是極為不滿的，因此太子重俊發動針對韋武集團的兵變，他們是支持的。
安樂公主和兵部尚書宗楚客得知這一消息，如同抓住一根救命稻草，以此多次要挾中宗，治罪相王與太平公主，還指使侍御史冉祖雍上疏說相王、太平公主二人「與重俊通謀」，請收留獄中審查。
中宗此時也改變了態度，命吏部侍郎兼御史中丞蕭至忠來審理此案。
蕭至忠流著眼淚對中宗說：
「陛下富貴已極，擁有整個天下，現在卻不能容納一弟一妹，難道還要讓人羅織罪名，把他們陷害至死嗎？想相王當初做皇太子時，曾堅決請求則天皇后允許他把天下讓與陛下，為此多日吃不下飯，這是海內外臣民所共知之事，陛下現在為什麼僅憑冉祖雍的一句話就懷疑相王呢？」
一番肺腑之言，使中宗醒悟，中宗決定不再過問此事。
右補闕浚儀人吳兢也聽到了這件事情，寫了一篇滿含深情的奏疏，疏文寫道：
「自從文明年間以來，大唐朝的后嗣，幾乎斷絕，陛下重登帝位之后，恩澤遍及皇室九族，訪求流散于煙瘴之地的皇族子孫，讓他們重返朝廷。況且相王與陛下乃手足至親，普天之下再也沒有第二個這樣的人，而亂臣賊子竟然日夜策劃，必欲置之于死地，國家發生禍亂的根源，必將要從這里開始。自古以來，君主因信任異姓之人和猜忌骨肉至親而亡國破家的，已經多得數不清，況且現在大唐宗室子弟所剩無幾，陛下重登帝位時間并不算長，但已有一個兒子因興兵起事而被殺，另一個兒子因違背父命而流落遠方，只剩下相王這麼一個弟弟可以朝夕相處，譏刺漢文帝容不下淮南王的民謠，陛下不能不慎重考慮，《青蠅》詩中所闡發的道理，實在值得陛下多加注意！」
蕭至忠的流著淚水勸說和這篇語意深長的奏文使中宗徹底打消了制裁相王的決定。
通鑒寫道：
「相王寬厚恭謹，安恬好讓，故經武、韋之世，竟免于難。」
景龍四年（710年）四月，定州人郎岌上奏：「韋后、宗楚客將為逆亂。」
韋后聽到立即要挾中宗，把郎岌活活打死。五月，許州司兵參軍燕欽融又上奏說：
「皇后[淫.亂]，干預國政，宗族強盛；安樂公主、武延秀、宗楚客圖危社稷。
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